電子目鏡也有其缺點，首先是圖像質量遭到損壞。其次，聚焦麻煩。因此電子目鏡與普通目鏡各有利弊，可選擇性使用。現今主流的顯微鏡成像系統則綜合以上兩者優點，這種三目顯微鏡的數碼CCD不但成像質量優異，同時還能進行各種圖片處理，報告打印等功能，為顯微鏡成像的。